문서번호	세무과-15320
결재일자	2017.6.29.
공개여부	대시민공개
방침번호

				시 민
주무관	세무조사팀장	세제과장
협 조
	세제운영팀장
	부동산세팀장

「지방세특례제한법」 중심으로

지방세 감면제도 운용 매뉴얼

2017. 6.

세 무 과

☞ 해당사항이 있는 부분에 ‘ ■ ’ 표시하시기 바랍니다. (※ 비고 : 필요시 검토내용 기재)
구 분	사전 검토항목 점검 사항	검토완료	해당없음	비 고
시민 참여	● 시민 의견 반영 및 사업 참여 방안을 검토하였습니까? 예) 청책토론회, 설문조사, 시민공모 등	□	■
전문가 자문	● 관련 전문가 의견을 반영하였습니까? 예) 자문위원회 개최, 타당성 검토, T/F 운영 등	□	■
갈 등	● 이해 당사자 간 갈등발생 가능성을 검토하였습니까? 예) 주택가 공공주차장 조성, 택시 불법영업 단속 등	□	■
사회적 약자 배려	● 사회적 약자에 대한 배려를 검토하였습니까? 예) 아동, 장애인, 한부모 가정 등	□	■
성인지	● 성별분리통계 작성여부를 검토하였습니까? 예) 인적통계 남·여 구분, 수혜집단의 남·여 구분 등	□	■
일자리	● 일자리 창출 효과 및 일자리 수를 검토하였습니까? 예) 직·간접 채용, 취업알선, 전문인력양성, 창업지원 등	□	■
선거법	● 공직선거법에 저촉 여부를 검토하였습니까? 예) 홍보물 배포, 표창수여, 경품지급, 기부행위 등	□	■
안전	● 시민 안전 위험요인과 안전대책을 검토하였습니까? 예) 장소·시설물 점검, 안전관리 인력확보 등	□	■
타 기관	● 타 기관 협의·협력(타 자원 활용 등)을 하였습니까? 예) 중앙부처, 타 지자체, 투자·출연기관, 민간단체 등	■	□	자치구(세무부서)
홍 보	● 사업 홍보 방안을 검토하였습니까? 예) 보도자료, 기자 설명회, 현장 설명회 등	□	■
정 책 영문화	● 정책 영문화 및 해외홍보 방안을 검토하였습니까? 예) 영문 제목‧요약, 해외 언론 보도, 외국어 홈페이지 등	□	■
바른 우리말	● 서울시 행정 순화어 목록을 확인하였습니까? 예) 별첨, 첨부 ⇒ 붙임, 가이드라인 ⇒ 지침 등	■	□
결재문서공개	● 공개 여부를 “비공개”로 설정했다면 법적근거를 명확히 검토하였습니까? 예) 정보공개법 제9조 제1항 제1호~제8호	■	□

	「지방세특례제한법」 중심으로
	지방세 감면제도 운용 매뉴얼

지방세 감면의 공정성과 투명성을 확보하고 선진화된 납세자 중심의 눈높이에 맞추는 업무처리기준(운용 매뉴얼)을 마련하고자 함.

Ⅰ		추진개요

□ 추진근거

○ 납세자 눈높이 세정혁신 추진 계획(시장방침 제361호, 2015.12.03.)

□ 추진배경

○ 동일한 지방세 감면 사안에 대한 자치구간 해석이 상이하여 세정운영 혼선 및 납세자에 대한 세정신뢰 불신 초래

○ 통일된 지방세 감면 업무처리기준 및 새로운 사례 발생·변경 등 세정환경 변화에 적극 대응하는 방안 마련이 필요

□ 추진방향

○ 지방세 감면 절차의 투명성과 공정성이 제고되는 판단기준 정립

○ 새로운 환경변화 등 납세자 중심의 눈높이에 맞는 사례 및 해석 제공 등

□ 처리절차

구 분	주요 처리 내용	신청인 및 처리기관
감면신청	감면신청서 등 관련자료 구비	납세자 → 과세기관
감면판단	요건 및 자료 검토, 감면여부 결정 * 충족 → 감면, 미충족 → 세금납부	과세관청 → 납세자 * 서면 결정통지
사후관리	목적사업, 수익사업 등 사용 여부 * 충족 → 감면유지, 미충족 → 세금추징	과세관청 → 납세자 * 감면세액 수시부과 통보
종 결	부과제척기간 및 유예기간 경과	일반과세자료 관리

Ⅱ		지방세 감면제도– 감면빈도 높은 조항 위주 발췌

1		학교 및 외국교육기관 면제(§41)

- 교육 및 관광 등에 대한 지원(제4절)

□ 감면개요

○ 초·중등교육법 및 고등교육법 등에 따른 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 취득세(지특법 제41조)

⇒ 제외 : 5년 이내 수익사업, 3년경과 직접 미사용, 2년 이상 직접 미사용 매각 등

○ 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세, 지역자원시설세, 주민세 재산분, 등록면허세 등(지특법 제41조~)

⇒ 제외 : 수익사업, 유료사용, 직접 미사용 등

□ 감면대상자

○ 건전한 사회구성원과 국가미래 인재양성 육성을 위해 설립한 각종 학교 등

□ 감면대상 부동산 등

○ 학교 등이 해당 사업에 사용하기 위한 취득 또는 보유하는 부동산

○ 학교 등 면허, 소속 종업원 및 해당 단체 사업소 등

□ 업무개념도(지특법)

	납세자 (부동산등 취득)		(구비서류, §184) 감면신청(§183)	과세기관 (지자체의 장)		(유예기간, §41) 과세자료관리	사후관리 (지자체의 장)
						*5년 이내 수익사업 3년 경과 직접사업 2년 이상 사용여부
			감면/과세 통보(§183) (요건충족여부)
			유예기간 목적사업 미사용 등 과세통보(추징, §41~)

□ 주요내용

근거법령	감면내용	감면 세목
§41 ·	학교가 교육용 취득·보유하는 부동산	취득세, 재산세 등 면제
§41	학교가 교육용 등 직접사용 위한 면허 등	등록면허세, 주민세(재·종)
§41	학교가 고유업무사용 등 전력을 무료 제공	등록면허세, 지역자원시설세
§50	사립학교, 국립대학의 구조조정 등	설립합병 등록면허세 등

□ 주요쟁점사례 – 판례·사례 중심

수익사업 인정 여부

○ 수익사업으로 보는 경우

○ 수익사업으로 보지 않는 경우

□임차인 3명과 각각 임대차계약을 체결하고 비영리사업자가 취득세 등이 면제된 부동산을 원래의 공익적 목적이 아닌 다른 목적으로 사용하는 것은 법이 예외적으로 허용하고 있는 혜택의 범위를 넘어서 것으로 토지를 위와 같이 임대한 것은 ‘수익사업’에 사용하는 경우에 해당됨

[대법2015두35888, 2015.05.14.]

□일반인을 상대로 회원을 모집하여 일정한 금액을 받고 헬스 등 각종 체육프로그램 용역을 제공한 것은 수익사업에 해당하는 것임

[조심2015지1182, 2016.12.07.]

□학교기업인 ○○센터가 외부이용객으로부터 이용료를 수수하는 등 수입이 발생하고 있는 점 등에 비추어 청구법인의 ○○센터 운영은 법인세법령상 수익사업에 해당됨

[조심2015지120, 2015.10.27.]

□기숙사 신축사업은 ‘00000대학교 00캠퍼스 제2기숙사 유한회사(이하 ’기숙사 관리회사‘라고 한다)’ 및 주식회사 0000개발이 공동으로 참여한 BTO(Build - Transfer- Operate) 방식의 민간투자사업으로 시행되었으나, 현재는 기숙사 관리회사가 100％ 지분을 취득하여 이를 관리ㆍ운영하고 있다는 점 등을 종합하면, 기숙사는 수익사업에 사용되었다고 볼 수 없음

[대법2014두7060, 2014.08.20.]

<학교법인의 수익사업 유형>

유형	내역
1. 부동산 임대업	건물·토지 및 상가 임대
2. 의료업	직영병원 및 의원
3. 장례식장업	장례 및 장례용품 판매
4. 서비스업	여행업, 전산교육사업 및 어학교육사업
5. 도소매업	의료용품 판매업, 구내식당 및 편의점
6. 제조업	유가공사업, 생수사업
7. 금융업	증권업 및 저축은행업
8. 기타업	조림사업, 출판업, 건설업 및 광업

				직접사용 해당 여부
	○ 직접사용으로 보는 경우				○ 직접사용으로 보지 않는 경우
		□<학교법인의 직접 사용 여부 판단> 사용관계(이용주체, 이용현황 등) 및 일반인의 접근가능성 여부, 학교법인의 교육사업과의 연관성, 시설 운영으로 인한 수익의 귀속주체 및 그 규모 등 제반사정을 종합적으로 고찰해야 함 [대법2009두19533, 2010.02.25.] □부동산을 학생 등의 연수시설 등으로 사용하고자 취득하였고 학생들을 위한 후생복리시설의 경우 반드시 학교 내에 있는 것만을 의미하는 것은 아니며 대학교 소비자생활조합이 학생 등을 위하여 운영하는 후생복지시설은 학교법인이 학교용도에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있음 [조심2015지584, 2015.07.13.]				□토지의 전체 면적과 그 현황, 수업장소로 이용된 면적과 그 횟수 및 수강인원 등으로 미루어 볼 때 토지를 일시적이거나 부수적으로 수업장소로 이용한 것에 불과할 뿐 이를 계속적ㆍ반복적으로 학교교육을 위해 사용하였다고 보기는 어려워 토지가 현실적으로 교육사업의 목적에 직접 사용되었다고 할 수 없음 [대법2016두50877, 2016.12.15.] □고등교육법에 따른 학교가 창업보육센터 사업자로서 학생 등 그 구성원이 아닌 일반인을 대상으로 창업의 성공 가능성을 높일 수 있도록 경영, 기술분야에 대한 지원활동을 하면서 창업자를 위한 시설과 장소로 그 소유 부동산을 제공하는 경우에는 특별한 사정이 없는 한 교육사업에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없음 [대법2014두45680, 2015.05.14. ] □외국인 교원의 지위와 근무현황, 그리고 오피스텔의 위치와 취득 목적 등에 비추어 보면, 외국인 교원들이 대학교육에 필요불가결한 중추적인 지위에 있다거나 그들이 오피스텔에 체류하는 것이 직무 수행의 성격을 겸비하는 것으로는 볼 수 없어 목적사업에 직접 사용되는 것으로 보기 어려움 [대법2013두21953, 2014.03.13.]

				정당한 사유 해당 여부
	○ 정당한 사유로 보는 경우				○ 정당한 사유로 보지 않는 경우
		□도시관리계획시설 결정 주민제안을 함에 있어 각 부동산 중 일부만을 그 편입토지에 포함시켰고, 이에 따라 최종적으로 도시관리계획시설 결정을 하면서 해당 면적만을 도시관리계획시설에 포함시켰다면 전체면적 중 위 도시관리계획시설에 편입된 토지에 해당하는 면적만이 3년 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 인정됨 [대법2016두54855, 2017.01.25.] □진입로 변경 결정은 학교 부지 조성 계획 승인 후에 이루어진 행정관청의 금지 또는 제한에 해당되어 유예기간 내에 토지를 학교용도로 직접 사용하지 못한 데에는 행정관청의 금지 등 정당한 사유가 있다고 할 것임 [조심2015지1987, 2016.03.11.] □종전 임차인이 있는 부동산을 취득하여 부동산을 명도 받기 위하여 지속적으로 노력하여 기존의 임대차 계약기간(2006.11.15∼2008.11.14.)이 종료되기 전에 이를 명도 받았고, 명도 받은 후에는 부동산 증축 및 용도변경허가를 받아 건축공사에 착공하여 유치원으로 사용하고 있는 사실이 확인되는 이상 유예기간(1년) 내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 봄 [조심2012지519, 2012.12.12.)				□학교 교지로 사용하기 위하여 매입한 후 학교 기본재산으로 등재하였고 쟁점 부동산 중 1층 비품창고(102.5㎡)는 학교 비품(침대, 서랍장, 책상, 의자 등)을 보관하는 창고로 이용되고 있고, 2층 외국인학생 다용도실(112.9㎡)은 외국인학생들의 워크숍, 종교집회장소 등으로 사용되고 있는 등 학교법인의 고유 업무에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 타당하나, 쟁점 부동산 중 1층 상가(면적 : 10.4㎡)는 문서 등을 복사하는 근린생활시설로 이용되고 있으므로 학교용으로 직접 사용한 것으로 볼 수 없고, 여기에 학교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 존재한다고 볼 만한 사정이 없음 [조심2014지1271, 2015.03.04.]

2		기업부설연구소 감면(§46)

- 교육 및 과학기술 등에 대한 지원(제3절)

□ 감면개요

○ 기업의 경쟁력 향상을 위한 연구개발 투자를 확대시키고, 이를 지원하기 위하여 기업부설연구소용으로 취득하는 부동산 취득세(지특법 제46조~)

⇒ 제외 : 연구소 설치 후 4년 이내 연구소 폐쇄 또는 다른 용도 사용

□ 감면대상자

○ 기업부설연구소를 설치·운영하려는 기업(대기업, 중견기업, 중소기업)

⇒ 범위 : 대기업(독점규제 및 공정거래에 관한 법률, 공정거래위원회), 중견기업(산업발전법, 중기청), 중소기업(중소기업기본법, 중기청)

□ 감면대상 부동산 등(지특법영 제23조)

○ 기업부설연구용으로 직접 사용하기 위하여 부동산을 취득한 후 4년 이내 관계 법령에 따라 인정을 받은 것

⇒ 인정 : 기초연구진흥 및 기술개발지원에 관한 법률에 따라 미래창조과학부장관으로부터 인정(법 제14조2, 법령 제16조)

○ 부속토지는 건축물 바닥면적의 7배 이내 한정

□ 업무개념도(지특법)

	납세자 (부동산등 취득)		(구비서류, §184) 감면신청(§183)	과세기관 (지자체의 장)		(유예기간, §46) 과세자료관리	사후관리 (지자체의 장)
						* 취득 후 4년 이내 폐쇄 또는 다른 용도 사용여부
			감면/과세 통보(§183) (요건충족여부)
			유예기간 내 폐쇄 또는 다른용도 사용 등 과세통보(추징, §46)

□ 주요내용

근거법령	감면내용	감면 세목
§46	기업부설연구소(중견기업)가 직접 사용하는 부동산	취득세, 재산세 50%
§50	기업부설연구소(과밀억제권역 외 대기업)가 직접 사용하는 부동산	취득세, 재산세 35%
§50	· 이외의 기업부설연구소가 직접 사용하는 부동산	취득세 60%, 재산세 35%

□ 주요쟁점사례 – 판례·사례 중심

				직접사용 등 해당 여부
	○ 직접사용 등으로 보는 경우				○ 직접사용 등으로 보지 않는 경우
		□휴게실 및 관람석을 포함한 이 건 본관의 전용부분에서 이 건 연구소가 차지하는 비율에 상당하는 공용부분은 이 건 연구소의 정상적인 운영에 반드시 필요한 시설이라 할 것이므로 이 건 연구소 전용부분과 전용부분에 따른 공용부분을 기업부설연구소용에 직접 사용하는 부동산으로 보는 것이 타당함 [조심2016지191, 2016.06.13.] □취득세 등을 면제받은 면적은 기업부설연구소의 전용 부분에 해당되고 부동산의 전용 부분의 정상적인 이용을 위해서는 주차장 등 공용부분의 이용은 필수적이므로 처분청이 쟁점부동산을 기업부설연구소용 부동산이 아니라고 보아 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못임 [조심2015지206, 2015.12.29.] <학술연구단체 등의 판단기준> □학술연구단체는 학술의 연구와 발표를 그 주된 목적사업으로 하는 단체를 의미하고(대법원 94누7515), 기술진흥단체는 과학기술을 연구·개발하여 이를 보급하거나 지원하는 것을 주된 목적으로 하는 단체를 의미함(대법원 2008두1115)				□기업부설연구소에 직접 사용할 건축물을 건축 중이라 함은 재산세 과세기준일(6.1.) 현재 터파기 공사 등 본격적인 공사에 착수한 경우를 말하고, 착공에 필요한 준비작업을 하고 있는 것까지 포함된다고 볼 수는 없으므로 재산세 과세기준일을 하루 앞두고 건축공사에 착공한 것까지 건축물이 건축 중인 것으로 보기 어려움 [조심2016지564, 2016.10.31.] □2012.4.9. 기업부설연구소로 인정받았으나 유예기간(4년) 이내인 2013.9.24. 쟁점면적의 명의를 00(주)로 변경하여 기업부설연구소 면적이 감소되었으므로 연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 연구소를 다른 용도로 사용하는 경우 등에 해당됨 [조심2014지1466, 2015.02.09.] □기업부설연구소가 설치된 시기는 기업부설연구소 변경신고 수리를 받은 2011.1.21.로 보아야 하고, 2014.11.22.에 405호, 406호, 407호를 사무실로 용도를 변경하였으므로 기업부설연구소 설치 후 4년 이내에 정당한 사유 없이 다른 용도로 사용하는 경우 등에 해당됨 [조심2015지1563, 2016.04.14.]

3		종교단체 및 향교 감면(§46)

- 문화 및 관광 등에 대한 지원(제4절)

□ 감면개요

○ 종교 및 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 단체가 해당 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 취득세(지특법 제50조)

⇒ 제외 : 수익사업, 3년경과 직접 미사용, 2년 이상 직접 미사용 매각 등

○ 과세기준일 현재 해당 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세, 지역자원시설세 등(지특법 제50조~

⇒ 제외 : 수익사업, 유료사용, 직접 미사용 등

□ 감면대상자

○ 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 종교단체 및 향교

□ 감면대상 부동산 등

○ 종교단체 등 해당 사업에 사용하기 위한 취득 또는 보유하는 부동산

○ 종교단체 등 면허, 소속 종업원 및 해당 단체 사업소 등

□ 업무개념도(지특법)

	납세자 (부동산등 취득)		(구비서류, §184) 감면신청(§183)	과세기관 (지자체의 장)		(유예기간, §50) 과세자료관리	사후관리 (지자체의 장)
						*수익사업 사용여부 3년 이내 사용여부 2년 이상 사용여부
			감면/과세 통보(§183) (요건충족여부)
			유예기간 목적사업 미사용 등 과세통보(추징, §50)

□ 주요내용

근거법령	감면내용	감면 세목
§50	종교단체 등의 그 고유업무용 부동산	취득세 면제
§50	종교단체 등의 그 고유업무용 부동산	재산세·지역자원시설세 면제
§50	종교단체 등의 해당 사업을 위한 면허, 사업장	등록면허세, 주민세(재·종)
§50	종교단체 둥에 전력을 무료로 제공하는 경우	지역자원시설세
§50	전통사찰의 경내지	재산세(도시계획분 포함)
§50	종교단체 등의 해당 사업장	주민세(균등분)

□ 주요쟁점사례 – 판례·사례 중심

					수익사업 인정 여부
	○ 수익사업으로 보는 경우					○ 수익사업으로 보지 않는 경우
		□기존의 임대차계약을 그대로 승계한 것에 그치지 아니하고 새로운 임대차계약을 체결하여 계속하여 임대한 경우는 단순히 임대인의 지위를 승계하였다고 보기 어려움 [조심2012지438, 2012.08.24.] □종교단체가 기존의 임차인이 있는 부동산을 취득한 후 임차기간 만료시점에서 임차인의 명도거부로 인하여 임차기간 만료 이후까지 임대하고 있는 경우 수익사업에 사용하고 있는 부동산으로 봄 [조심2010지541, 2011.02.18.] □종교단체가 기존의 임차인이 있는 부동산을 취득한 후 새로운 임대차 계약을 체결하여 임대하고 있는 경우 수익사업에 사용하고 있는 것으로 봄 [조심2008지874, 2009.09.07.] □종교단체가 불특정 다수인의 유골을 안치하는 납골당으로 분양하면서 분양금과 연사용료를 받고 있는 경우 비과세한 취득세를 추징한 처분은 정당함 [조심2008지790, 2009.02.20.]					□유료주차장으로 운영되는 토지 위에는 관리사무소가 별도로 존재하지 아니하고, 주차 안내국이라는 관리실을 별도토지에 설치하여 주차장을 관리하고 있는 점 등이 나타나고 있으나, 토지에 주차 시 실제로 주차비를 징수한 구체적인 증빙이 없어 유료로 사용되었다고 보기에는 입증이 부족하다 할 것임 [조심2011지224, 2012.03.16.]

				직접사용 해당 여부
	○ 직접사용으로 보는 경우				○ 직접사용으로 보지 않는 경우
		□대표자인 ○○○이 그 재임 중 거주한 주택은 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단할 때 비영리사업 자체에 직접 사용된 것으로 볼 수 있음 [대법2016두48249, 2016.11.24.] □종교 활동을 직접 담당하는 파견수녀가 지역교우들의 기도모임이나 교리교육, 미사 등 종교의식이 이루어지는 등 수녀들의 공동 수도생활 및 전도생활의 공간으로 사용 및 숙소로 제공된 아파트는 목적사업에 직접 사용되는 부동산에 해당됨. [대법2014두557, 2015.09.15.] □종교단체가 취득한 부동산의 대출금을 승계할 수 없어 당초 매매계약을 해제하고 종교단체 대표자 배우자 명의로 다시 매매계약을 하고 종교용으로 사용하였다면 비과세한 취득세 등을 추징할 수 없음 [대법2009두8144, 2009.08.27.] □목사가 거주하기 위하여 취득한 주택과 전도활동목적으로 사용하기 위하여 취득한 사무실은 선교활동에 필수적으로 수반되는 부동산이므로 취득세 등을 부과한 것은 부당함 [조심2009지696, 2010.01.29.]				□토지 및 건물을 사실상 매수 당시의 상태 그대로 방치하면서 기존 토지 위에 새 건물이 건축되기 전까지 차량의 주차나 체육활동 등의 용도로 임시로 사용하고 있는 것에 불과하며 목적사업인 종교사업에 직접 사용하였다고 보기 어려움 [대법2016두37430, 2016.07.07.] □종교의식에 일시 사용되었다는 사정만으로는 이 사건 부동산이 수도자 양성사업 등 목적사업에 직접 사용되었다고 볼 수 없고, 종교의식에 상시 사용되었다는 점을 인정할 만한 증거는 없으며, 나아가 종교용 건물의 설계가 진행 중이었다고 하더라도 이를 종교단체가 해당 사업에 직접 사용하고 있었다고 평가할 수 없음 [대법2016두37676, 2016.06.23.] □취득한 부동산을 다른 종교단체가 사용하고 있는 사실이 확인되고 있으므로 청구인이 종교용으로 직접 사용하지 아니한 것으로 봄 [조심2011지921, 2012.04.30.] □종교용으로 취득한 건축물을 보육시설로 이용하고 있는 경우 종교용에 직접 사용하는 건축물로 보기는 어려움 [조심2011지771, 2011.12.27.]

				정당한 사유 해당 여부
	○ 정당한 사유로 보는 경우				○ 정당한 사유로 보지 않는 경우
		□임대되어 있는 부동산을 취득하여 스스로 계속 반복하여 임대할 의사가 없이 기존의 임대차 관계가 종료되는 대로 자신이 사용할 의사로 임대인의 지위를 승계하였을 뿐인 경우에는 부동산 임대 자체를 계속적 반복적으로 하는 경우로 보기는 어려움 [조심2011지344, 2011.11.03.] □종교단체가 교회신축을 위하여 취득한 토지가 처분청의 도로개설 계획에 의한 공공용지로 편입됨으로써 잔여토지가 맹지가 된 경우 토지취득일로부터 3년 이내에 종교용에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는 것으로 봄 [조심2009지600, 2010.02.12.]				□주택이 목적사업에 직접 사용되는 것인지에 관한 해석상 혼란이 존재하였다고 하여 그 사정만으로 주택을 그 용도에 직접 사용하지 못한 데에 대한 ‘정당한 사유’가 있었다고 볼 수 없음 [대법2016두47611, 2016.11.24.] □토지를 취득할 때 진입로 개설을 하지 못하면 건물을 신축하지 못하여 종교 사업에 사용할 수 없다는 사실상의 장애 사유를 알았거나 알 수 있었으나, 결국 이를 해소하지 못하여 토지를 종교 사업에 사용하지 못하였으므로 토지를 고유 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 없음 [대법2011두27223, 2012.02.23. ] □개발제한구역 내의 토지를 취득하여 건축허가가 나지 않았다면 위의 사유는 고유목적사업에 사용하지 못한 정당한 사유에 해당되지 않음 [대법2009두553, 2009.03.12.] □내부적인(자금사정, 시공사 교체, 채무변제 등) 사정을 이유로 2년 내 매각한 경우 [조심 2011지0935, 2012지0497, 2009지0015] □취득 이전부터 존재하고 있던 관계 법령에 의한 건축행위제한으로 유예기간을 경과한 경우 [조심 2008지1091, 2009.3.30.]

Ⅲ		지방세 감면제도 운용 절차

□ 감면관리

감면신청												- 구비서류 첨부 감면신청
												<구비서류> □감면신청서, 매매계약서 등 취득관련서류 □감면단체 회의록, 정관 및 규약, 단체등록증 등
감면요건 검토												- 감면신청일로부터 5일 이내
												<검토사항> □직접사용, 고유업무, 수익사업 여부 등 판단
												<요건충족> - 감면결정통보 □감면에 따른 의무사항 위반 시 감면 받은 세액이 추징 될 수 있다는 내용과 함께 그 결과를 서면으로 통지
												<요건미비> - 감면불가통보 □검토결과 감면요건에 충족하지 아니한 경우 납부이행 알림
												<직권감면> - 직권감면통보 □해당 목적사업 등에 직접 사용하고 있음이 명백한 경우
사후관리												- 감면 부적정 사유발생일로부터 30일 이내 감면세액 납부
												<목적사업> □법령에서 개별적 규정 업무, 법인등기부 목적사업 업무 등
												<직접사용> □부동산의 소유자가 해당 부동산을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는지 여부
												<수익사업> □법인세법 제3조 제3항에 따른 수익사업 해당여부
												<3년 이내 또는 2년 이상 직접사용> - 정당한 사유 □해당 용도에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유 □해당 감면 당사자로서는 해소시킬 수 없는 외적인 사유 등

□ 조사요령

○ 조사내용

- 종교단체 등 감면 물건에 대하여 정기 또는 수시로 사용 실태 등 조사

- 감면물건의 당초 목적사업에 직접사용여부 등 확인

○ 처리절차

		□지방세 감면 조사대상 선정
		□공부상 조사 및 사용실태 등 현장 확인
		□감면세금 추징대상 물건에 대한 과세예고 및 납세자 의견 진술
		□추징세액 확정 및 과세 통보

○ 조사내용

		□법률상 인적, 물건 요건 등 감면신청이 적정했는가?
		□유예기간(3년) 내 고유목적 사업에 직접 사용개시 하였는가?
		□사용개시일로부터 의무 사용기간(2년)까지 임대, 매각 금지 등을 준수하는가?

○ 주요단계별 점검내용

1단계		□감면신청서 접수 후 1개월 이내 목적사용 이행실태(현장) 조사 □감면물건 현장사진 및 복명서 등 감면적정여부 관리
2단계		□감면물건 사용실태 정기 또는 수시 조사 정기조사 : 매년 재산세 과세자료 정비 등 병행 수시조사 : 유예기간(3년 또는 2년) 종료 3~6개월 전 점검 □감면 건축물 등 각 층별 및 토지 등 사용현황 조사 □감면물건 현장사진 및 복명서 등 감면적정여부 관리
3단계		□유예기간 경과 후 1개월 이내 최종 조사 □1·2단계 조사 당시와 현황비교 및 감면 부적정 추징여부 판단

□ 업무개념도

	납세자 (부동산등 취득)		(구비서류) 감면신청	과세기관 (지자체의 장)		(유예기간) 과세자료관리	사후관리 (지자체의 장)
						*수익사업 사용여부 유예기간, 기타요건 준수여부
			감면/과세 통보 (요건충족여부)
			유예기간 목적사업 미사용 등 과세통보(추징 등)

□ 지방세 감면 체크리스트(예시, “종교단체”)

개요	○ 조 사 일 시 :
	○ 조 사 대 상 :

물건현황	○ 취득(소유)자 :
	○ 물 건 지 :
	○ 취 득 일 :
	○ 관 계 법 령 :

주요 쟁점				검토 내용 및 결과	판단
					인용	부인
1. 감면 신청자 적격 여부
	① 법인(단체)의 목적사업
	② 정관 및 규약
	③ 소속 증명
	④ 대표자 증명
	⑤ 부동산등기용 등록번호 증명
2. 감면 물건 사용 현황
	① 나대지 및 건축 중인 경우
		㉮ 회의록
		㉯ 부동산 이용 계획
		㉰ 건축허가 및 착공여부
		㉱ 건축공사 진행 현황
	② 건축물인 경우
		㉮ 회의록
		㉯ 부동산 사용 현황(층별)
			㉯-1 종교목적 사용 비율
		㉰ 임대차 계약 여부
		㉱ 수익사업 사용 여부
	③ 기타 소유권 변동 여부

Ⅳ		행정사항

□ 지방세 감면 업무처리 지속 보완 및 확대

○ 지방세 감면물건 현장 및 실태조사 시 세무조사공무원 행동매뉴얼 준수

○ 감면처리 과정에서 발견된 법령 및 제도상의 문제점 발굴 및 시정 건의

○ 새로운 발굴 사례 및 지방세 비과세·감면 운용 요령 피드백 지속 실시

○ 지방세특례제한법 주요 감면으로 점진적 확대 적용

□ 자치구 지도점검 및 세무공무원 전달교육(’17. 6월)

○ 지방세 비과세·감면 운용 요령 주요내용 및 적용방법

○ 자치구 지방세 비과세·감면 운용 실태 조사 및 점검 요령 등